A 70-es, 80-as évek
Az 1970-es évek közepén egyre elfogadottabbá vált a „Nagy-Szomália” megteremtésének nacionalista programja, mely Ogaden etióp tartomány bekebelezését célozta meg. A tartomány tényleges birtoklásáért 1976-ban robbant ki háború, amely 1978 tavaszán Szomália vereségét hozta. A Szovjetunió – bár érvényben volt a szovjet-szomáliai barátsági szerződés – nem támogatta Sziad Barre területszerző politikáját, másrészt Etiópia modernebb nehéz- fegyverzettel és légierővel rendelkezett. A szomáliai vereség éhínséggel és humanitárius katasztrófával fenyegetett, Mogadishu viszont új „pártfogóra” talált az Egyesült Államok személyében, amely több millió dollárral támogatta a Barre-rezsimet. A háborút lezáró egyezményt csak 1986-ban írta alá az etióp és a szomáli elnök Dzsibutiban, amelyben lezárták határvitáikat és megegyeztek a fogolycserében. 1987-ben az Amnesty International aggasztó jelentést adott ki a Szomáliában uralkodó humanitárius állapotokról, az emberi jogok betartásának teljes figyelmen kívül hagyásáról. A jelentést követően az amerikai kongresszus radikálisan csökkentette az afrikai országnak juttatott segélyek volumenét. Barre elnök támogatottsága megrendült, a Nemzeti Mozgalom (SNM) – amely már tíz éve harcolt a kormánycsapatok ellen – összefogásra szólította fel a klánokat. A hadurak ezen csoportja 1991-ben önkényesen kikiáltotta Szomáliföld függetlenségét, amely nagyrészt az egykori Brit Szomália területét fedte le, és amelynek állami státuszát máig nem ismerte el a nemzetközi közösség. Mindeközben Szomáliában a fegyveres milíciáknak végül 1991-ben sikerült megdönteniük Barre elnök hatalmát. A kezdeti sikerek után a legfontosabb fegyveres csoport két külön frakcióra bomlott szét: a Mahdi Mohamed és a Mohammed Farah Aidid vezette csoportokra. A két nagy, illetve több kisebb mozgalom között kemény harc kezdődött, amely 1992-ben az ENSZ beavatkozásához vezetett. Az országban tomboló éhínség arra buzdította az Egyesült Államokat (Operation Restore Hope), hogy a humanitárius segélyszervezetek munkáját fegyveres erőkkel segítsék. Ilyen körülmények között az amerikai csapatok gyakran kemény összeütközésekbe kerültek több szomáliai milíciával, elsősorban Aidid gerilláival. Az amerikaiak (többek között ebből az okból kifolyólag) megpróbálták elfogni Aididet 1993. októberében, azonban az akció kudarcba fulladt, 18 amerikai katona és több száz szomáli civil meghalt. Ezt követően az amerikai erőket azonnal kivonták, majd 1994/95-ben az ENSZ csapatok is elhagyták Szomáliát, miután a szervezet 151 katonáját lelőtték egy támadás során. Egyes becslések szerint a különböző klánok között tomboló harcokban azóta 300.000-500.000 ember vesztette életét.
A káosz évei
1999-ben Husszein Aidid fegyveres erői már Mogadishu déli övezetének nagy részét, valamint az északi és nyugati hátországot, beleértve a stratégiailag fontos Baidoa várost, is ellenőrzésük alatt tartották. Utóbbit júniusban – etióp katonai segítséggel – egy Aidid-ellenes fegyveres csoport súlyos áldozatok árán elfoglalta. Ez az esemény új fejezetet nyitott a szomáliai polgárháború tíz éves történetében: az Eritreával háborúban álló Etiópia ekkor nyitotta meg második, szomáliai frontját. A konfliktust így nem csupán az Eritrea-Etiópia háború kiszélesedése, de egy, az etiópiai határ menti hegyekben aktivizálódó iszlám fundamentalista csoport támadásai is súlyosbították. Az iszlámisták célja a szomáliaiak által elfoglalt etióp területek felszabadítása volt, a csoport vezérét azonban júliusban egy Aidid által ellenőrzött mogadishui övezetben meggyilkolták. A fővárosban végül sikerült a különböző frakciók vezetőinek felállítani egy adminisztrációs bizottságot, azonban abban már nem tudtak megegyezésre jutni, hogy ki elnökölje a gyűléseket. 2000-ben úgy tűnt sikerül megfékezni az erőszakot, mivel Dzsibouti és Etiópia is hozzájárult az egyeztető konferencia létrehozásához, mire az iszlámisták által támogatott Aidid minden addiginál kegyetlenebb eszközökkel rátámadott a Rahanwein Felkelő Hadsereg-et (RRA) támogató civil lakosságra. A szomáliai helyzet jelenleg elsősorban azért ad okot aggodalomra, mert Aidid fegyveresei egyéb iszlám milíciákkal együtt egyre nagyobb teret nyernek, 2006. júniusában átvették Mogadishu ellenőrzését az amerikaiak által támogatott hadúrtól, és bevezették az iszlám törvénykezést.
A Baidoa-ban székelő kabinet felszólította az iszlamista harcosokat, hogy szolgáltassák be fegyvereiket, a klánok képviselőiből álló parlament elé pedig olyan javaslatot terjesztett be, amelynek értelmében nemcsak egy önálló, 45 ezer fős hadsereg megteremtésére tennének kísérletet, hanem nemzetközi békeerőket is hívnának az országba. Az Afrikai Unió már 2005. januárban zöld utat adott egy, a szomáliai kormány stabilizációs erőfeszítéseit segíteni hivatott küldetésnek, a parlament azonban akkor elutasította az ötletet. Az egyre nagyobb területeket ellenőrzésük alá vonó iszlám fundamentalisták mindenesetre egyértelműen elvetik a külföldi jelenlétet. „Eddig minden ilyen beavatkozás káoszba taszította Szomáliát” – hangoztatta Sarif Sejk Ahmed, az Iszlám Törvényszékek Szövetségének elnöke, aki az Egyesült Államoknak és más külföldi kormányoknak írt levelében Washingtont, illetve a világi hadurak szövetségének nyújtott amerikai támogatást tette felelőssé a szomáliai vérontásért. A muszlim milíciák katonai sikere következtében kudarcot vallott az USA szomáliai stratégiája. A történtekre adott reagálásában George W. Bush elnök kifejtette, hogy a bizonytalanság – bárhol legyen is a világon – nyugtalanítja az Egyesült Államokat, majd hozzátette: most arra kell a leginkább figyelni, hogy Szomália ne váljék az al-Kaida menedékévé, mivel a CIA meggyőződése szerint az afrikai országban bujkál a szervezet három olyan vezetője, akiknek közük van a kenyai és a tanzániai amerikai nagykövetségek elleni 1998-as, illetve a szintén Kenyában egy izraeli tulajdonú hotelnél elkövetett 2002-es bombamerényletekhez.