A brit-francia gyarmati versengés csúcspontját jelentő, a két európai ország között csaknem háború kirobbanásához vezető fashodai konfliktus (1898) rendezése után, a szudáni területek Angol-Egyiptomi Szudán néven a két ország kondomíniumává (közös birtokává), valójában inkább brit gyarmattá váltak (1924-1936 között közvetlen brit irányítás alatt állt Szudán, később visszaállították a kondomíniumi státust). A terület, általában angol, főkormányzóját az egyiptomi uralkodó nevezte ki, azonban az egyiptomi törvények csak brit jóváhagyással érvényesülhettek. A kettős közigazgatás idején az északi, főként arab muszlimok és arabizált núbiaiak lakta területeket Egyiptom, a déli, fekete-keresztény és törzsi vallású niloták lakta tartományokat a brit gyarmati hadsereg felügyelte. 1951-ben Egyiptom felmondta a szerződést, majd az 1953-1956 közötti átmeneti időszak alatt kivonták a térségből a brit és az egyiptomi erőket is. A hatalmas kiterjedésű ország (2 505 813 km2) 1956-ban vált függetlenné, az évtizedekig tartó kettős rendszer azonban rányomta bélyegét a további történetére. Legnagyobb problémát a civil közigazgatás megteremtése okozta, mivel a közlekedés összeomlott, a közal-kalmazottakat pedig képtelen volt fizetni a szudáni kormányzat. Ilyen körülmények között robbant ki a polgárháború délen, azonban a fekete-afrikai lakosság – az erőszakos iszlamizálási törekvések miatti – elszakadási törekvésit, Karthúm erőszakkal akadályozta meg, mely összecsapások során közel félmillióan vesztették életüket. A kormánycsapatokat a Szovjetunió látta el fegyverrel, míg a felkelőket az Egyesült Államok és Izrael támogatta. 1969-ben egy fiatal politikusokból álló csoport puccsot hajtott végre, mely során vezetőjük, Dzsafar Mohamed Nimeiri kikiáltotta a szocialista Szudánt és átmeneti alkotmányt léptetett életbe. Délen 1971-ben Joseph Lagu tábornok vette át a csapatok vezetését és mögé sorakoztak fel az elszakadást támogató erők is. Nimeiri elnök a déli területek autonómiájának elismerésével igyekezett véget vetni a polgárháborúnak, mely kezdeményezést Etiópia is támogatta. A tizenhat évig tartó belső konfliktus az 1972-es Addis Abeba-i szerződéssel ért véget, amelyben Khartúm részlegesen elismerte a déli tartományok önkormányzáshoz való jogát, a felkelőket pedig átvette a megalakuló szudáni hadseregbe.

1979-ben Dél-Szudánban hatalmas olajlelőhelyekre bukkantak. Khartúm mindenképpen részesülni akart az üzletből, így a déli autonómia felfüggesztése csak idő kérdésévé vált. 1989-ben egy újabb puccsot követően Omár Hasszán al-Basír altábornagy kezébe került a kormányrúd. Uralma alatt megerősödött a Nemzeti Iszlám Front befolyása, amely a polgárháborús helyzet állandósulásához vezetett. A délieket a Szudáni Felszabadító Hadsereg (SPLA) élén álló John Garang tábornok vezette, a kormánycsapatok a Nemzeti Iszlám Front nevében vették fel a harcot a lázadók ellen. A déli erők a konfliktus folyamán (újabb) frakciókra bomlottak szét, a radikális szárny Dél-Szudán teljes elszakadását hirdette meg és harcot indított Garang ellen is. A polgárháború sok százezer halottat és menekültet eredményezett, melynek hatására az ország gazdasága a nyolcvanas évek végére összeomlott, Szudán teljesen eladósodott.

1996-ban béketárgyalások kezdődtek a déli frakciók és a kormányzat között, Garang azonban elutasított mindenféle megállapodást, így a háború folytatódott. 1998-ra olyan humanitárius katasztrófa lehetősége körvonalazódott Dél-Szudánban, hogy az SPLA tűzszünetet hirdetett, de miután a segélyszállítmányok nagy részét elsikkasztották, az összecsapások folytatódtak, főként a déli területeken. 1998-ban az Egyesült Államok légicsapást intézett egy Khartúmban található vegyipari létesítmény ellen, mondván, azt Oszama bin Laden finanszírozta és vegyifegyvereket gyárt. 1999-ben a kormányzat újabb humanitárius tűzszünetet hirdetett, de Garang felrúgta azt, mire Basír elnök kihirdette a szükségállapotot és házi őrizetbe helyezte Hasszán el Turabi-t, az Iszlám Front vallási vezetőjét és főideológusát. 2001-ben az ENSZ felfüggesztette az elrendelt embargót, 2002-ben pedig béketárgyalások kezdődtek a harcoló felek között. A polgárháborút lezárni hivatott megállapodás-csomag utolsó két jegyzőkönyvét 2004. december 31-én parafálták a szudáni kormány és az ország déli részét ellenőrző Szudáni Népi Felszabadító Mozgalom képviselői a kenyai Naivasha városában. Az eseményen Omár Hasszán al-Basír szudáni államfő és a szemben álló felek közötti közvetítésben kiemelkedő szerepet játszó Thabo Mbeki dél-afrikai elnök is megjelent. Az egyezmény azonban nem érintette a 2003-ban kirobbant darfúri konfliktust.

A nyugat-szudáni Darfúr tartománnyal kapcsolatos problémák a nyolcvanas években kezdődtek, amikor az Észak-Szudánban (Száhel-övezet pereme) pusztító szárasság elől menekülők többsége, a túlnépesedés veszélyét fokozva, erre a területre telepedett át. A tartomány vezetői kérték a kormányzatot, hogy adjon támogatást az alapvető élelmiszerellátás és a higiénés szükségletek biztosításához, illetve fékezze meg a rendszeresen fosztogató Dzsandzsavid iszlám milícia tevékenységét. Mivel Khartúm részéről semmilyen lépés nem történt, sőt kiderült, hogy fegyverekkel támogatják a milíciát, Darfúrban 2003. februárjában felkelés tört ki. A kormányzat a szárazföldi csapatok mellett légierőt is bevetett a "lázadók" ellen. 2005-re a Dzsandzsavid kegyetlenkedései következtében 200.000-en meghaltak és több mint egymillióan  elhagyták lakóhelyüket. A konfliktus érdekessége, hogy amíg a kormányzat délen fekete-afrikai etnikumok és keresztények ellen lépett fel, addig Darfúr tartományt nagyrészt fekete muszlimok lakják. 2005-ben a konfliktus folytatódott, de kisebb intenzitással, amiben nagy szerepe volt az Afrikai Unió 7.000 katonájának és az európai békefenntartók munkájának. A 2006. márciusában kötött fegyverszüneti egyezményben ugyan szó volt ENSZ katonák behívásáról, azonban a harcok fellángolásával a szudáni kormány elutasította a békekontingens jelenlétének lehetőségét. A térségbe 2007 végén ENSZ és Afrikai Uniós csapatok érkeztek, de a válság megoldásra vár.