1993-ban akkreditálták a „Magyarország és Európa a 19-20. században” című Történelem Ph.D. Programot, amely egyetemi diplomával rendelkező, kiemelkedő szakmai teljesítményt nyújtó hallgatóknak biztosít lehetőséget kutatásaik kiteljesítésére, illetve a képzés elvégzése után fokozatszerzésre.
Az Ormos Mária akadémikus asszony, professor emerita, vezette Doktori Program a PTE Interdiszciplináris Doktori Iskola Keretében tevékenykedik.
A hároméves alapképzés elvégezhető nappalis, ösztöndíjas hallgatóként, illetve munkahely mellett levelezős, költségtérítéses rendszerben.
A program oktatási és kutatási szerkezetébe a 18-20. századi európai és magyar történelem tartozik, különös tekintettel a hazai, a kontinentális és világfejlődés eseménytörténetét összehasonlító, illetve összefüggésrendszerben való vizsgálatára. Ezen belül a téma nagy súlyt helyez az európai történelem homályos, kevésbé feldolgozott részeinek a megvilágítására, mindezt széles egyetemes történeti dimenzióba helyezve. A kurzusok a graduális képzésben elsajátított ismeretek kiterjesztésére, a kutatási és feldolgozási szempontok, valamint a levéltári forrásokon nyugvó kutatási technikák megismertetésére irányulnak.
A doktori képzés első négy félévének anyaga rotációban követi egymást, ami biztosítja, hogy a szervezett képzés anyagát minden doktorandusz hallgató elsajátíthassa. Az első négy félévben a hallgatóknak heti rendszerességgel óralátogatási kötelezettségük van, emellett minden hallgató rendszeres konzultációt folytat témavezetőjével. Az előadások megtartására neves hazai szakembereket kérünk fel. A kurzusok során a hallgatók részletesen megismerkednek a politikai eszmeáramlatok történetével a 18-20. században, Magyarország szomszédaival és a történettudomány forrásaival és módszereivel. A negyedik szemeszter végén a hallgatók szigorlatot tesznek a 18-20. századi magyar és egyetemes történelemből. Az 5. és 6. félévben a hallgatók rendszeres oktatásban nem részesülnek, az utolsó év a témavezetői konzultációk segítségével a disszertáció megírására szolgál. A 6 félév után lehetőség nyílik a disszertáció beadására és a doktori fokozatszerzés folyamatának elindítására.
A Doktori Iskolának megalakulása óta 138 hallgatója volt, közülük a doktori értekezését az iskola keretein belül eddig 24 hallgató védte meg sikeresen, és szerezte meg a Ph.D. fokozatot. A Doktori Programban 12 oktató folytatta le sikerrel a habilitációs eljárását.