Az ENSZ ruandai népirtással kapcsolatos tehetetlensége és passzivitása miatt heves bírálatok kereszttűzébe került. Vádlói azonnali lemondásra szólították fel, miután képtelen volt közbe lépni és megakadályozni a több mint egymillió áldozatot követelő tragikus eseményeket. A Ruandában történtek mellett indulatos kritika érte Ghalit az angolai polgárháború kiújulása, valamint a jugoszláviai véres konfliktus kapcsán tanúsított erőtlensége miatt is. A nemzetközi közösség és maga a közvélemény egy jelentős része is felháborodottan és értetlenül fogadta az ENSZ, illetve a főtitkár körülményességét, mely bizonyíthatóan közrejátszott a délszláv harcok tragikus elhúzódásában. Sokan egyértelműen Ghalinak róják fel, hogy az ENSZ nem tudta sem diplomáciai, sem katonai módon megakadályozni a balkáni folyamatok eszkalálódását, mely végül csak jóval később, a NATO közbelépésével valósul meg.

1996-ban újraválasztását az Egyesült Államok, mint állandó ENSZ Biztonsági Tanács tag, rendíthetetlenül megvétózta, így Ghali volt a világszervezet első, és eleddig egyetlen főtitkára, aki nem tudta második ciklusként négy évvel meghosszabbítani mandátumát.