Kadhafi államában gerillakiképzést kapott, melyet felhasználva hazájába való visszatérésekor polgárháborút robbantott ki. A monroviai kormányzat ellen 1989-ben megindított fegyveres felkelés bázisául a szétzilálódó Elefántcsontpartot használták. Taylor főként zsoldosokból álló seregével, a Libériai Nemzeti Hazafias Fronttal (NPFL), rövidesen Libéria egész területét ellenőrzése alá vonta.

A felszabadított amerikai rabszolgák számára létrehozott nyugat-afrikai állam elnökét, Samuel Doe-t, az a Prince Johnson gyilkolta meg, aki követőivel együtt nem sokkal korábban vált ki az NPFL-ből, létrehozva a Független Libériai Nemzeti Hazafias Front (INPFL) mozgalmát. Később Johnson és fegyveresei foglalták el a fővárost is, ahol a megdöntött rendszer számos képviselőjét mészárolták le.

A hatmillió lakosú Libériában közel 50 ezer embert gyilkoltak meg a harcok során. A sokszor egyértelműen tisztogató jellegű akciók következtében legkevesebb kétmillió személy kényszerült otthona elhagyására. A polgárháború hivatalosan 1996-ban ért véget, a következő esztendőben Taylor államelnökké választatta magát. A szavazás lebonyolítása a megfigyelők szerint rendben zajlott, a megfélemlített emberek inkább szavaztak Taylorra és embereire, semmint ellenállásukkal újabb terrorhullámot zúdítsanak önmagukra.

Taylornak rövidesen sikerült hatalmát stabilizálni az egész ország területén, 1999-ben azonban egy felkelő csoport szervezett fegyveres ellenállásba fogott és átvették Libéria egy része felett az ellenőrzést. 2003-ban aztán egy másik mozgalom is megtépázta az elnök hatalmát, még kisebb területre visszaszorítva az NPFL-t.  

A kilátástalan körülmények, valamint a nemzetközi nyomás hatására Taylor 2003-ban lemondott posztjáról, önmaga helyére kinevezett egy ideiglenes elnököt, aki a kiírt választásokig volt hivatott irányítani az országot. Ekkora már Libéria területének alig harmadát ellenőrizték az állami szervek.